جامعه اسلامی دانشجویان، در سال ۱۳۶۸ توسط محمد نصر اصفهانی، مهدی فضائلی، امیرحسین درخشان، محمد رضا مرادیان و محمد صادق سهلانی در دانشگاه تهران تأسیس شد.

اولین کنگره جامعه اسلامی دانشجویان به مدت دو روز به همت دکتر نصر اصفهانی در سال ۱۳۷۵ با پیام رهبر جمهوری اسلامی ایران و سخنرانی آقای ناطق نوری، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی در تالار علامه امینی دانشگاه تهران آغاز و پس از تصویب اساسنامه و خط مشی دوسالانه و انتخاب ۲۵ نفر عضو شورای مرکزی با سخنرانی آیت الله یزدی، رئیس وقت قوه قضائیه پایان یافت.

افکار و اندیشه‌های شهید مرتضی مطهری و شهید سید محمد بهشتی به عنوان مبنای اندیشه سیاسی و تشکیلاتی جامعه اسلامی دانشجویان قرار گرفته‌است؛ و این افکار به عنوان دو جریان اصلی در مکتب امام خمینی(ره)، امام خامنه‌ای و اسلام، برای فعالیت‌های فرهنگی، سیاسی و تشکیلاتی مبنا قرار گرفته‌است.

هدف اصلی جامعه اسلامی دانشجویان تربیت نیروی تراز انقلاب اسلامی می‌باشد.

هم اکنون اتحادیه جامعه اسلامی دانشجویان در نزدیک به هشتاد دانشگاه کشور دفتر داشته و به عنوان بزرگترین اتحادیه دانشجویی ایران محسوب می‌شود و در اکثر استان‌ها مشغول به فعالیت است که شامل دانشگاه‌هایی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، وزارت آموزش و پرورش، وزارت نفت و قوه قضائیه می‌شود

علاوه بر کمیسیون‌های تخصصی زیر مجموعه اتحادیه جامعه اسلامی دانشجویان، مجامع نمایندگان این تشکل به مثابه مجلس شورای اسلامی بوده و هیئت عالی نظارت این اتحادیه وظیفه‌ای همانند شورای نگهبان را برای این تشکل ایفا می‌کنند.